本堂歷史迄今25載。溯本追源,1843年倫敦傳道會傳教士理雅各牧師將馬六甲開辦之英華書院(1818年創立)遷港,繼續辦學及傳道,後成立華人自理會,之後建立道濟會堂;1926年在般含道的新堂建成後選名為「合一堂」。合一堂在1957年及1984年先後建立九龍堂及北角堂。至1987年,九龍堂為配合30週年堂慶,成立小組研究在沙田區發展事工。當時九龍堂有50多個家庭居於沙田,而該區將發展為人口眾多之新市鎮,是一片廣大的福音禾場。1992年8月獲政府批出馬鞍山鞍誠街地段為興建新堂校之用。兩年後堂代表會決議籌募8,000萬元(包括補地價4,545萬元、建築費及裝修費約3,500萬元),並隨即組織籌建新界堂校委員會,由主席單家傳執事領導成立了籌募部、建築部、財務部及宣傳部,積極募捐及籌建事宜。
馬鞍山堂落成前,自1994年初起每主日下午借用馬鞍山馮堯敬紀念中學舉行聚會,又租用新港城C座一單位作聯絡處及小組活動地方,並於1995及1996年暑期舉辦短宣運動及福音運動,信主人數日增。1997年3月30日於九龍堂舉行差遣禮,正式差派九龍堂24位教友委身入馬鞍山植堂,與主任牧師聯同全體教牧同工和香港堂,九龍堂,北角堂義工及區內弟兄姊妹同心拓展福音事工。
新堂校於1996年4月21日舉行動土禮,1997年6月29日舉行奠基禮,同年9月幼稚園校舍落成開課,命名為合一堂單家傳紀念幼稚園;於翌年並得社會福利署批准增辦幼兒園。教會辦事處及宿舍大樓則命名為合一堂李孔氏紀念大樓。教會主日上午聚會則由馮堯敬紀念中學遷回新堂副堂(即幼稚園禮堂)舉行;並開設主日學、青少年團契及婦女小組等。初期遷入新堂時在副堂舉行主日崇拜,至1997年12月7日新堂舉行啟用感恩禮後,開始在大禮堂崇拜。
胡丙杰牧師:本堂由籌建(1987年)與開始聚會(1994年)至成立堂會(2000年)皆由胡丙杰主任牧師負責兼顧及策劃。
余英嶽牧師:由1998年3月至1999年5月曾由香港堂主任余英嶽牧師兼任堂主任。
黃常教牧師:由2000年10月16日至2005年11月底榮休止擔任堂主任。
李信堅牧師:於2005年12月到任,由2006年1月起擔任堂主任,事奉直至2015年8月底榮休。
李應新牧師:於2015年8月3日到任,由2015年9月起擔任堂主任,事奉直至2017年7月底離任。
陸輝牧師:由2017年8月起擔任本堂義務顧問牧師至2020年10月;又由2022年9月起再次擔任本堂義務顧問牧師。
何祐生宣教師:由2018年1月至2020年10月2日擔任本堂署理堂主任。
蕭仲駒牧師:由2020年10月3日起擔任本堂堂主任,事奉直至2022年9月22日離任。
吳家聰牧師:由2022年9月23日起擔任本堂署理堂主任。
崇拜:於2007年12月9日開始,主日上午設有早堂、午堂成人崇拜;現亦設有青少年崇拜及兒童聚會:「與主同行」。
主日學:本堂主日學於10時至11時進行,現有長者主日學、成人主日學、中學級主日學及兒童聚會:「與主同行」。
團契:本堂現有13個團契(未計算其他小組),分別在禮拜五、禮拜六及主日舉行,供少年至長者的信徒及朋友參加。
馬鞍山堂於2000年1月正式成立堂會,至2006年開始堂會男女值理各20位協助工作,並在堂會下設立9個部門。為配合合一堂教會新典章中提出各單位堂需要實踐5項基要事工──福音及外展、信徒培育、肢體生活、禮讚及靈命操練和堂務行政,所以本堂也於2010年開始,將本堂原來之9個部門綜合成為5部,即:崇拜及靈修部、福音及外展部、相交及關顧部、信徒培育部、堂務行政部,除規定所有堂會值理必須成為最少一個部門之成員外,又選派執事關顧各部事工,與教牧同工之牧養工作配搭,以結合各人之力量,在不同的部門崗位上一同事奉上帝。
建基於教會的5個部門,堂會需努力去實踐教會的五大職事,即:崇拜、團契、教導/宣講、傳道/宣教、服務/見證。教會應當以「崇拜上主」為中心,然後藉著教會所提供「團契生活」與「教導生活」的內聚力來建立信徒,使能得以成長;進而鼓勵信徒領受「服務/見證」和「傳道/宣教」的召命,進入社會中見證上主,廣傳福音。